肝总管结石和胆总管结石其位置不一样，肝脏内有大量的胆管就像树枝一样，通过左、右肝管汇合到肝总管，然后再通过胆囊管储存于胆囊，当进食到胃到十二指肠时，胆汁又从胆囊排泄出来，经过胆总管到达十二指肠作为消化液消化食物。
所以，位于胆囊管与左、右肝管汇合处的胆管，即称之为肝总管，在这个部位发生的结石称之为肝总管结石，而在胆囊管下方，十二指肠上方的胆管则称之为胆总管，在这个部位发生的结石称之为胆总管结石。
其结石的位置不一样，有可能其引起的症状也会有所差异，一般要看结石是否引起了严重的梗阻情况，胆总管下段壶腹部比较狭窄，在这个部位容易引起梗阻的症状。