睾丸囊肿通过药物治疗并没有明显的效果，所以临床上并没有治疗睾丸囊肿的药物。
囊肿一般都是良性病变，需要考虑通过手术切除，但如果囊肿不大，而且患者没有任何的临床表现，不用做特殊的处理，定期彩超复查就可以。如果囊肿增长的趋势比较明显，而且导致患者出现睾丸以及附睾部位的疼痛，影响正常的生活以及工作，要及时进行手术处理。
睾丸囊肿进行手术切除后，一般不会复发，但术中需要常规取囊肿的病理组织做化验，排除恶性的可能。睾丸是男性很重要的生殖器官，是精子的产生场所，所以存在病变时要及时处理，以免耽误治疗。