新型冠状病毒肺炎是呼吸系统的传染性疾病，感染了2019新型冠状病毒之后，最早引起的就是肺脏病理改变，感染以后肺脏可呈不同程度的实变，实变区主要呈现弥散性的肺泡损伤和渗透性的肺泡炎，肺泡腔内也可以见到浆液、纤维蛋白性的渗出物，以及透明膜形成。小支气管和细支气管亦见黏液栓形成，对于病程较长的病例，可见肺泡腔渗出物机化和肺间质纤维化，病情严重时心血管、肝、脾、肾、脑组织也可以见到病变。
此外，全身主要部位的小血管可见内皮细胞脱落，内膜全层炎症，可见血管内混合血栓形成，血栓及相应部位的梗死，主要脏器微血管可见透明血栓形成，新型冠状病毒肺炎是一种以肺脏为主要靶器官的病毒病。