肩胛骨疼是后背疼的常见的原因，很多不是肩胛骨的疼，而是辅助于肩胛骨上的肌肉的无菌性肌膜炎症反应。肩胛骨背上附着的是即冈上肌、冈下肌、小圆肌，这几个肌肉在肩关节疲劳，或者着凉时都容易出现肌膜炎引起疼痛。
肩胛骨内侧缘附着着的是肩胛提肌、大小菱形肌，也可能会出现炎症反应，引起肌肉痉挛和疼痛。有时支配这三个肌肉的胸背神经出现压迫的症状，也会引起肌肉的紧张和疼痛，导致肩胛骨内侧的反复的疼。
此外，斜方肌覆盖了肩胛骨的大部分，斜方肌的筋膜炎也会引起肩胛骨疼痛。
另一种疼痛来源是肩胛骨的畸形愈合，或者肩胛骨与胸壁之间形成了骨赘和滑膜的炎症反应，导致肩胛骨活动时与胸壁发生摩擦产生疼痛，可以通过肩胛骨的侧位X线片，获得诊断。