引起男性龟头上长肉刺，可以分为以下几个原因：
一、考虑可能是由于男性平时没有注意生殖器的卫生处理，平时没有及时的进行清洗，这时候可能就会导致细菌大量滋生，导致龟头出现感染的情况，会导致长肉刺的现象。
二、可能是由于患有尖锐湿疣引起的，尖锐湿疣主要的症状就是导致男性龟头长小肿物，初期表现为肉刺样，逐渐变成菜花状，而且没有明显不适感。
三、有可能是由于生殖器疱疹导致的。以上两种疾病都属于性传播疾病，可能是由于男性患者有过不洁性交史，或者男性的性伴侣有过不洁性交时，通过交叉感染引起龟头上长肉刺的现象。四、可能是包皮过长引起的珍珠疹，表现为龟头冠状沟处多枚小肉刺。出现龟头长肉刺要及时就医，避免延误病情。