精索静脉结扎手术可能会导致血管的损伤，使睾丸萎缩、阴囊的水肿、睾丸鞘膜积液、不孕不育等其他并发症。精索静脉结扎手术目的是把血管阻断，一定程度使精索静脉的周围组织缺血、缺氧。
严重时周围的组织坏死，会影响到对睾丸的血液供应导致睾丸萎缩。手术后会有一定的炎症反应，自身的发生炎症组织会吸收多余的组织液，可如果体质差或者循环系统有问题，会引发阴囊的水肿和睾丸鞘膜积液。
有些患者手术完成后会不孕不育，因为手术过程中划破输精管或者手术后的预后情况不佳，导致输精管的受损使精液无法正常的通过。