临床上没有胃切除手术后最严重的并发症一说，胃切除手术后可能出现的并发症很多，比如腹腔内出血，十二指肠残端瘘，吻合口瘘，粘连性肠梗阻以及残余感染。比较常见而且比较难以处理的是吻合口瘘，因为胃切除手术后出现的吻合口瘘通常是空肠高流量瘘，容易积聚在腹腔引起感染甚至中毒性休克。
先需要通畅引流，同时积极的予以补液补充能量，促进吻合口的愈合。瘘的愈合过程需要2-4周甚至更长的时间，所以胃切除手术后相对来说严重的并发症就是胃肠吻合口瘘。