房颤的病因有多种，所有能够对心房肌产生影响，导致心房扩张、心房肌增生、缺血、纤维化、炎性浸润和渗出等改变的心脏病，都属于房颤的病因。此外，很多与年龄相关的改变，如淀粉样物质沉积和纤维化，也可能与老年患者的房颤发生率增加有关。
交感和副交感神经活性也会对心房的电生理特性产生影响，从而触发房颤。全身感染、肺部疾病、肺栓塞、甲状腺功能亢进，以及其他的代谢异常，都可能触发房颤。15%的房颤患者没有器质性心脏病，也没有其他常见促发房颤的原因，这类房颤称为孤立性房颤。