脂肪性肝病分为非酒精性脂肪性肝病和酒精性肝病，非酒精性脂肪性肝病，要针对原发病和危险因素予以治疗，对多数单纯性脂肪性肝病和脂肪性肝炎有效。
单纯性脂肪性肝病一般无需药物治疗，对于脂肪性肝炎可选用多烯磷脂酰胆碱、维生素E、还原型谷胱甘肽等，以减轻脂质过氧化。患者要控制饮食、增加运动，是治疗肥胖相关的非酒精性脂肪性肝病的最佳措施。因体重下降过快可能会加重肝损伤，故减肥过程中应使体重平稳下降，注意监测体重及肝功能，还要注意纠正营养失衡，禁酒，不易乱服药，在服降血脂药物期间应遵医嘱定期复查肝功能。
酒精性肝病的治疗首先戒酒是关键，戒酒4-6周后脂肪肝可停止进展，最终可恢复正常。还要在戒酒的基础上给予高热量、高蛋白、低脂饮食，并补充多种维生素。多烯磷脂酰胆碱可以稳定肝窦内皮细胞膜和肝细胞膜，减轻肝细胞脂肪变性及其伴随的炎症和纤维化，严重的酒精性肝硬化患者可考虑肝移植。