在同房时如果出现了小腹痛，有以下几种原因：
1、子宫内膜异位症和子宫腺肌病，异位的病灶如果出现在子宫直肠陷窝，在性生活的时候则有可能会触及到这些异位的病灶而出现腹痛。另外，子宫腺肌病可以使子宫增大，在性生活的时候也有可能会出现性交痛。
2、有可能出现急性疾病也会造成同房时腹痛，例如出现了宫外孕破裂、卵巢囊肿蒂扭转、黄体破裂等，这一些疾病都有可能因为性生活造成疾病的突发而造成腹痛。
3、一些恶性的肿瘤，例如阴道癌、宫颈癌等，也有可能会造成性生活时的疼痛。
具体还需要进行妇科内诊、子宫附件超声等相关检查才可以明确。