肛周脓肿手术有一定的风险，一般来说肛周脓肿手术风险主要包括麻醉风险、手术后出血，以及复发的风险。麻醉风险比较好理解，有的手术需要进行麻醉，麻醉药有可能会出现过敏反应，一般来说发生率比较低。肛周脓肿手术通常采用脓肿切开手术，而且直肠肛管周围的神经血管比较丰富，所以手术以后通常有可能会出现少量的出血，严重时甚至会有大出血，甚至需要再次手术止血。
另外，肛周脓肿一般做切开以后，通常会演变成肛瘘，如果肛瘘继发细菌感染可以导致肛周脓肿再次发作。所以肛周脓肿手术有一定的风险，其主要风险包括麻醉药的过敏反应、术后的出血和手术以后有可能复发，而再次需要脓肿切排。