对于肥厚型梗阻性心肌病的首选药物目前尚无统一的定论，主要是依据医生的临床经验来确定。对有明显症状的患者常用药物是β受体阻滞剂、非二氢吡啶类钙通道阻滞剂（常用维拉帕米、其次是地尔硫卓）。上述药物均为负性肌力药，可减轻左室流出道梗阻的症状。初始治疗建议单药治疗，可以优先选择β受体阻滞剂，效果不明显者可换用非二氢吡啶类钙通道阻滞剂，不建议同时应用。若患者仍有心衰症状，可以谨慎应用利尿剂。如果药物效果不明显，可以考虑行室间隔肌切除术、室间隔酒精消融、右室心尖起搏等非药物治疗手段。