肾结石的症状在男性和女性当中，没有明显的差异。如果肾结石位于肾盂腔内，患者多数无明显临床症状，或者仅有轻微的隐痛、钝痛症状。当肾结石向输尿管里移出，形成输尿管结石可以出现典型的肾绞痛症状。肾绞痛症状表现为突然发作的肋脊角和腰部的刀割样疼痛，常伴有放射痛，受累部位为同侧下腹部、腹股沟、股内侧，女性常可以放射到阴唇。
血尿是肾结石的另外一个常见症状，常常在腰痛后发作血尿，血尿产生的原因是结石移动，或者患者剧烈活动导致结石对集合系统的损伤。如果患者有感染可能就会存在发热症状。由于结石、梗阻、感染可以相互促进，肾结石造成梗阻可以继发或者加重感染，出现腰痛或者高热、寒颤。对于其他特殊类型的肾结石，比如独立肾结石、双侧肾结石，患者可能会出现肾功能的异常，严重者可以出现尿毒症。