枯草杆菌是人体的有益菌，一般不会引起副作用。它的功能是治疗由于肠道菌群失调，如饮食不当、乱用抗生素引起的腹泻、便秘、腹胀、消化不良、食欲不振等。它属于调节肠道正常菌群的药物，一般服用没害处。但是如果患者本身肠道菌群正常，没有出现失衡的情况下，患者盲目地补充益生菌，也会引起肠道菌群失衡，如出现腹痛、腹泻、恶心等。
正常人肠道有自我恢复功能，人为长期补充有益菌会大大降低肠道本身功能自行恢复，对肠道健康不利，所以不建议长期使用益生菌。在临床上，使用枯草杆菌治疗肠道菌群失调时，偶有患者用药时出现恶心、腹痛、头晕等不良症状。