流产没有流干净，对于女性的身体伤害很大，宫腔内存在残留物会反复刺激子宫，引起阴道流血，且流血时间长，严重情况下可能会引起大出血，导致女性出现贫血、休克等表现。残留物反复刺激子宫内膜，还可能会引起子宫内膜炎，对子宫内膜的功能也会造成影响，导致月经量减少。严重情况下，可能会出现宫腔粘连，影响到后期怀孕。
另外，流产不完全合并有感染的情况，容易引起妇科疾病，比如盆腔炎，患者会出现下腹部疼痛和发热的症状，还有可能导致输卵管粘连不通。如果流产没流干净，需要再次做清宫手术。