甲状腺功能低下在新生儿期主要表现为，新生儿常为过期产儿，出生体重大于第90百分位数，身长和头围可以正常，前后囟门比较大，胎便排出延迟。出生以后新生儿有腹胀、便秘、排便次数减少，有脐疝，甚至有巨大舌，常被误认为是先天性巨结肠。
再就是生理性黄疸期延长，黄疸持续不退，新生儿还可以表现为睡眠时间长、对外界反应低下、肌张力低下、吃奶差、呼吸比较浅慢、哭声低，而且不容易哭、体温低，有时会出现低体温、四肢冰凉、末梢循环差，还会出现硬肿等现象。以上症状往往是甲状腺功能低下在新生儿期表现，到新生儿期后，也就是在出生后3-6个月，可能就会表现出智能发育落后、表情呆板、淡漠，以及反应迟钝等相应表现。