胃间质瘤的预后主要取决于病理分化，胃间质瘤一般病灶小的时候、分化好的时候，预后影响都是比较好的，但是如果病灶大、分化差，就是会引起大出血或者周围组织侵犯，不能够完整切除。
药物治疗耐药之后就效果差，一般胃间质瘤早期的病灶小可以切除，长大之后，能够用药物控制，如CD117有突变，而且还有其他的靶向药物，格列卫能治疗、能够控制病变，不需要化疗也挺好的。
病灶缩小之后可以再考虑手术切除，转化治疗。还有一些药物耐药之后再换其他的药物还能控制，但是一旦出现所有药物都控制不住，病程不停延长之后，预后就很差，就会危及生命了。