儿童孤独症谱系障碍的预后取决于患者病情的严重程度、儿童的智力水平、教育、治疗干预的时机、干预程度，儿童的智力水平高，干预的年龄越小，训练强度越高，效果越好。目前国内外已有不少教育和训练儿童基本恢复正常的报道或病例，如果不给予治疗，大多数的孤独谱系障碍的宝宝预后较差，小部分患者随着年龄的增长，会有不同程度的自我改善。
孤独谱系障碍的原因未明，可能和基因以及基因调控异常有关，如果没有给予科学的干预，多数患儿预后不良，成年以后往往不具备独立生活、学习和工作的能力，表现为智力和行为残疾，成为家庭和社会的沉重负担，如果给予早期的干预和治疗，可以显著改善孤独谱系障碍的预后。