龟头冠状沟有小水疱，伴有瘙痒，则建议到医院进行检查来确定原因。可能的原因：1、真菌性龟头炎，可以出现龟头冠状沟发红，伴有红斑，红斑周围可伴有小水疱样改变，可伴有白色的乳酪样色的分泌物存在，伴有局部的瘙痒等症状。患者多存在有包皮过长或者包茎，需要进行真菌涂片检查，确诊真菌后需要给予抗真菌的对症处理。2、疱疹病毒感染所致，这时可以在黏膜结合部位而出现簇状分布的疱疹，疱疹比较小，并且呈多个堆积样分布，基底比较红，可出现明显的疼痛感。此病随进一步进展可以出现疱壁破裂，而导致糜烂面形成，并且此病可以通过性接触而造成伴侣的传播。需要进行疱疹病毒的检测，确诊给予抗病毒治疗。