对于海扶刀治疗子宫腺肌症的副作用，主要是在治疗的过程当中会引起下腹部轻度的胀痛以及腰部酸痛，这种疼痛会延续到治疗后。如果疼痛过于明显，可以服用去痛片来缓解疼痛。
另外，还可以导致阴道内有少量的血性分泌物流出，可能是由于手术靠近子宫内膜时刺激到子宫内膜，导致少量内膜剥脱而出现少量阴道流血，同时还有可能导致头晕和轻度的恶心等。
海扶刀属于没有任何创伤的手术操作，可以在条件允许的情况下作为一些女性的首选治疗方法。