脑植物神经功能紊乱，一般需要针对引起脑植物神经功能紊乱的病因进行治疗，如果是外面环境因素所致，调整环境因素，保证其安静。如果温度太高、太低，调整温度。如果是自身情绪紊乱引起，或者外界事件刺激引起，要去除刺激诱因，可用一些调整神经药物进行治疗。
如果有失眠，可以用安眠药物，如思诺思、舒乐安定，都可以改善睡眠。还有就是给予5-羟色胺再摄取抑制剂，舍曲林、帕罗西汀、氟西汀、西酞普兰，都可以改善脑植物神经功能紊乱症状。还有去甲肾上腺素再摄取抑制剂，如文拉法辛、米氮平，都可以改善因为脑植物神经功能紊乱引起的躯体症状。同时，如果有精神症状，还可以用喹硫平、奥氮平改善精神症状。