对于真菌性肺炎的治疗，主要是抗真菌药物的使用，根据不同的感染类型，用药也是不同的。例如两性霉素B对深部念珠菌有强大的抑制作用，是目前治疗深部念珠菌病主要的药物，5-氟胞嘧啶对念珠菌也有良好的抑制作用，大蒜素、氟康唑、伏立康唑、球红霉素等都有抗真菌的作用。在确诊真菌感染以后，应停止使用广谱抗生素、激素以及免疫抑制剂等。同时要多喝水，多吃优质蛋白的食物，补充身体所需的能量，可以提高机体的抗病能力。