服用盐酸氨基葡萄糖有副作用，不过盐酸氨基葡萄糖是镇痛类非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用还比较安全。盐酸氨基葡萄糖上市后的不良反应报告显示，常规使用患者普遍耐受性良好，不良反应较少。
罕见患者出现轻度的胃肠不适，如恶心、便秘、腹胀和腹泻，在饭时或者饭后服用可以减少胃肠道不良反应的发生率，特别是有胃溃疡的患者更需要注意。有些病人服用后可能会出现过敏反应，包括皮疹、瘙痒和皮肤红斑，对此药过敏者禁用，用药前需要仔细阅读药品说明书，用药一个疗程后症状未缓解，请咨询医生或药师。严重的肝肾功能不全者慎用，对此药过敏者禁用。