囊肿是良性病变，完整切除以后就不会复发了。但是，需要定期复查，因为在别的部位有可能再长囊肿，如果长了囊肿没有及时复查，情况可能会比较严重。囊肿如果发生在乳腺或者发生在甲状腺上，囊肿比较小，囊肿增大或者出现疼痛，有压迫症状的时候则需要行囊肿切除，切除以后常规送病理检查，一般不会复发，但是要定期复查。
如果是肝脏发生囊肿，小的囊肿也不用进行治疗，囊肿增大明显，比如直径超过十公分，压迫正常的肝脏组织或者引起右上腹出现隐痛、疼痛等不适的时候，需要将囊肿开窗引流。