引起儿童指甲分层的原因主要包括以下几种情况：
首先，由于儿童微量元素缺乏造成的。如果儿童有缺铁、缺钙等，会引起指甲分层，需要给儿童及时检测微量元素。如果确诊有缺铁、缺钙，需要及时的进行补铁、补钙治疗。
其次，由于指甲受到过外伤引起的。如果儿童指甲受到了外伤，会引起指甲断裂，这种情况下新的指甲会继续生长，会引起分层。
最后，如果儿童患有手足口病，也会造成指甲分层，需要给儿童及时抗病毒，比如给儿童应用蒲地蓝消炎口服液等。