能够导致孤独症发生的病因有很多，包括遗传学因素、病毒与免疫学因素、神经生化与神经内分泌因素、脑结构与脑电生理学因素、围生期因素、社会心理学因素等。
一、主要病因
1、遗传学因素：有研究证实，孤独症与遗传因素高度相关，遗传率高达80%~90%。
2、病毒与免疫学因素：病毒可能潜伏在中枢神经系统内，把其DNA整合到宿主DNA上，翻译出异常蛋白质，作为异体抗原，它们可能刺激机体的免疫系统进行免疫应答。
3、神经生化与神经内分泌因素：孤独症的神经生化问题也就是研究突触和中枢神经递质的问题，由于脑能神经递质发育不成熟，可导致患儿行为和精神异常。
4、围生期因素：围生期损害，如出生时窒息、缺氧、脑轻微损伤等，在患儿的发病中起到一定程度上的辅助作用。
5、社会心理学因素：有研究证明，孤独症不是任何单独的社会学和心理学原因引起的。孤独症是一种广泛发育性障碍，儿童发育和成长的家庭和社会环境因素都会影响儿童的言语、社会技能的获得和发展。
二、诱发因素
1、母孕期的不利因素：比如高龄产妇、怀孕期间出现过先兆流产、病毒感染、围生期发生过缺氧等。
2、环境因素：在患儿大脑发育的关键时期，其生活环境及社交与孤独症的发病密切相关。