确诊为肺栓塞后经过溶栓治疗栓子可以消失，所以当患者确诊为肺栓塞时，可根据病情考虑溶栓、抗凝、介入或者手术的治疗。当患者有溶栓适应症时，首选溶栓的治疗，溶栓的药物包括链激酶、尿激酶等等。
如果患者没有溶栓的适应症，或者溶栓后需要使用抗凝的治疗，常用的药物包括低分子肝素、华法林、利伐沙班、达比加群等等。在抗凝的过程中需要注意监测凝血的变化，如果患者病情较重，有手术或者介入的指征时，可以采取手术或者介入的治疗方法。