腱鞘囊肿是一种常见的良性肿物，如果没有明显的症状或者症状不重、不影响工作和生活的情况下仅给予随访观察即可，无需特殊处理。
伴有轻度的疼痛时，可以口服非甾体消炎药。当肿块较大、患者暂不愿行手术治疗时，可用注射器进行穿刺、抽吸并且注射类固醇类的药物达到治愈，采用这种方法的部分患者会再次复发。
对于复发后的患者最好采用手术治疗，将腱鞘囊肿底部完整切除，可大大降低腱鞘囊肿的复发率。另外，有些中医治疗的方法，包括针刺、挤压、加压包扎等。
关节镜手术是一种微创的治疗方式，目前用于腘窝等部位较大的腱鞘囊肿治疗，能够快速的使患者得到恢复。