二硫化硒洗剂的副作用，有可能会有刺激引起局部的皮炎，尤其是皮肤薄嫩的位置，所以一般不用于黏膜、生殖器等皮肤比较敏感的部位。
还有应用最多的是头皮屑增多、头皮的脂溢性皮炎，用来洗头，洗头之后会引起头发干燥、粗糙，甚至有的人会出现头发的脱色。
所以用于头发上的时候，在头发上待的时间不要太长，一般建议3-5分钟清洗掉，并且一定要清洗干净，其他没有明显的系统不良反应。