抗病毒治疗可以抑制病毒在体内的复制，从而有可能清除病毒。但有些慢性的病毒感染，相应的抗病毒药物可能清除不了病毒，而且有一些可能还需要联合用药才能够控制病毒的繁殖。对于流感病毒感染，可以单纯口服奥司他韦来控制病毒的复制，从而能够控制症状。对于乙肝病毒的感染，单纯使用一种恩替卡韦或者替诺福韦，一般也是能够抑制病毒在体内复制的，很少需要联合用药，但乙肝病毒目前还无法通过服用抗病毒药物的方式清除干净。如果是丙肝病毒感染，在不明确具体基因型的情况下，可以选择联合用药，一般是联合索菲布韦和维帕他韦，能够将病毒清除。如果是艾滋病毒感染，也需要联合用药，但不能够将病毒清除掉，一般是联合三种抗病毒药物，可以选择两种核苷类反转录酶抑制剂，联合上另外一种作用机制的抗病毒药物。