心肌炎反复发作，容易转变为慢性心肌炎，会逐渐出现进行性的心脏扩大、心功能减退，出现心律失常。经过数年或者10-20年后死于上述各种并发症。对于病毒性心肌炎，少数的病毒感染，如麻疹、脊髓灰质炎病毒，可以通过预防接种而达到预防的目的。心肌炎的治疗针对两方面，如病毒感染和心肌的炎症，并且心肌炎的患者应当卧床休息，进易消化和富含维生素和蛋白质的食物，心力衰竭应及时的控制。
如果早搏频繁、快速心律失常者，可以用抗心律失常的药物，如因高度房室传导阻滞，或快速室性心律、窦房结损害而引起昏厥、低血压，则需要电起搏、电复律。还可以用促进心肌代谢的药物，如三磷酸腺苷、辅酶、细胞色素C等。