扁桃体发炎应用抗生素好得快，首选青霉素，根据病情轻重决定给药途径。若治疗2-3天后病情无缓解，高热不退，应该分析其原因，改用其他种类抗生素或酌情使用糖皮质激素，也可以用复方硼砂溶液、复方氯己定含漱液、1:5000的呋喃西林液进行漱口。
扁桃体炎还可以用中医中药进行治疗，常用银翘甘桔汤或清咽解毒汤，扁桃体炎有反复发作的倾向。因此对已有并发症者，可以在急性炎症消退之后施行扁桃体的手术。另外，扁桃体发炎期间要禁忌烟酒、刺激辛辣食物，多喝温水。