巧克力囊肿(巧囊)术后防止复发，一般采用性激素的药物治疗，通过性激素药物治疗让患者闭经6-9个月，能够有效的防止巧克力囊肿术后的复发。对于年轻的45岁以下的女性，做了巧克力囊肿手术以后为了防止复发，采用性激素治疗，包括三种治疗方法，即假孕治疗、假绝经疗法、药物性卵巢切除治疗的方法，这三种方法都是通过吃药造成类似于不来月经的现象，导致异位内膜不再增生从而萎缩，以达到防止复发的目的。
巧克力囊肿指的是卵巢的子宫内膜异位症，这是妇科的常见良性疾病，但是具有恶性疾病的恶性行为，比如种植、转移、复发的行为，这是女性的性激素依赖性疾病，只要女性卵巢的雌孕激素功能正常，每个月有正常的月经来潮，卵巢巧克力囊肿就可能会复发，手术不可能断根，除非是根治性手术。