包皮上面有小水疱，很可能是得了生殖器疱疹，生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒引起的性传播疾病，发病率较高，潜伏期一般为3-5天，多数会有不洁的性接触史。患部先有烧灼感，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，常见于包皮、龟头、冠状沟、尿道口。
水疱也可以逐渐变成脓疱，大约一周左右破溃而形成糜烂或浅的溃疡，可以有疼痛，有些人也没有明显的症状。本病一般经过三周左右可以痊愈，但常有反复发作。由于疱疹属于性传播疾病，因此需要积极治疗，性伴侣或者配偶也应该尽快做检查，如果有感染，应该一起进行治疗，以免反复交叉感染。