红霉素软膏治疗龟头炎往往用于革兰氏阳性球菌造成的包皮龟头炎，而对于其他类型如霉菌、滴虫、衣原体、支原体引起的包皮龟头炎效果并不好，因此红霉素治疗龟头炎有一定局限性。而对于其他类型的包皮龟头炎，如霉菌性的，常选用口服曲古霉素或伊曲康唑，滴虫性包皮龟头炎一般应用甲硝唑。外用药物当中细菌感染引起的包皮龟头炎可以用硼酸水、雷夫诺尔溶液，念珠菌性的包皮龟头炎可用碳酸氢钠溶液清洗患部或用咪唑类软膏，而滴虫性的龟头炎往往可选用乳酸溶液、醋酸溶液或者甘草酸碱溶液。