临床性甲减必须采用甲状腺激素替代治疗，使用左旋甲状腺素钠片。在具体应用时应根据甲减患者的病情严重程度、年龄，采取个体化治疗方案。
有贫血者应有针对性的补充铁剂、维生素，胃酸不足者应补充稀盐酸，缺碘者补充碘剂。
针对于呆小病、黏液性水肿、黏液性水肿及昏迷，应采取有针对性的治疗方案。
针对特殊类型的甲减，比如亚临床甲减的治疗目前尚存在一定争议，因为目前还缺乏循证医学证据，但应密切追踪观察。