男性如果出现射精后疼痛的症状，一般是由于精囊或者是输精管道的病变引起，比如精囊囊肿、射精管狭窄、精囊炎、精囊结核、精囊结石、精囊肿瘤等疾病。最常见的是精囊炎，包括急性精囊炎和慢性精囊炎。
急性精囊炎主要的症状表现为尿频、尿急、尿痛，且会阴部疼痛不适，同时伴有射精疼痛和血精的症状。如果感染比较严重，还会引起全身症状，比如发热、寒战、乏力等。如果是慢性精囊炎，主要的症状是血精、尿频、尿急、尿痛，以及射精疼痛等症状。另外，精囊周围的病变，比如前列腺炎、前列腺结石、附睾炎、尿道狭窄等病变，也可以引起射精后疼痛。