胎儿心脏间隔缺损绝大多数考虑胚胎在形成过程中接触放射线，以及有毒、有害物质，在孕期不能接触放射线以及有毒、有害物质。如果在孕期接触到会出现胎儿心脏发育异常，孕前检查需要做优生十项检查，看体内是否有病毒感染存在。
如果有病毒感染会导致胎儿发育异常，出现心脏室间隔缺损。怀孕期间乱用药也会出现孕期心脏室间隔缺损，所以胎儿出现间隔缺损一定到医院做好相关检查。如果单纯缺损不严重，可以考虑将胚胎生下来以后做手术来对症治疗，如果要是还有合并其它异常，建议根据情况来对症处理。