恩替卡韦的停药时间，因用药前疾病的状态不同而不同。如果用药前是E抗原阳性的慢性乙型肝炎，达到了乙肝病毒DNA检测不到、转氨酶恢复正常、E抗原消失，并且产生了E抗体，再巩固治疗至少三年，期间每隔三个月复查一次，一直保持不变，可考虑停药观察。
如果用药前是E抗原阴性的慢性乙型肝炎，在达到了乙肝表面抗原消失，并且乙肝病毒DNA检测不到后可停药观察，延长疗程可以减少复发。如果用药前已达到了肝硬化，不建议停药。