植物神经功能紊乱需要进行一种综合的治疗，通过药物、心理治疗和生活习惯、睡眠习惯、饮食习惯的调整来进行治疗。一般来说，白天尽可能不要睡觉，可以做适当的运动和户外活动，睡觉前四个小时不要做剧烈运动，不要吃兴奋的食物，可以喝点牛奶，还可以泡个脚、洗个热水澡等。要固定时间睡觉，一般10点到10点半上床睡觉，6-7点起床。
可以用一些安眠的药物起到改善睡眠和安神作用，用5-羟色胺再摄取抑制剂来改善精神症状和心理症状，以及去甲肾上腺素再摄取抑制剂，可以调整植物神经引起的躯体症状，还可以调整睡眠。再通过心理辅导和自我暗示的治疗、行为的脱敏疗法等等，可以治愈植物神经功能紊乱。症状消失六个月以上，可以逐步的减药，停药一般要一年到一年半时间，慢慢可以治愈。