肾脏结石的形成有内源性的原因和外源性的原因，内源性的原因就是具有结石体质，所谓的结石体质，就是在同等的条件下，具有结石体质的人容易形成结石，而没有结石体质的人不容易形成结石。这和遗传因素相关，所以结石，特别是肾结石，有家庭聚集现象的发生。
外源性的原因包括摄入的钙质过多，超过了机体的需要量。多余钙质必须从肾脏排出体外，如果这时候同时出现饮水过少，形成的尿液过少，不能将机体多余的钙质充分从肾脏排出体外。当经过肾脏的时候，存在结石形成的机制，也就是某些人具有结石形成的核心，多余的钙质就容易沉积下来，形成肾脏结石，或者使原有的肾脏结石扩大，加重结石的症状。