肠系膜静脉血栓一经确诊要立即给予治疗，患者应该禁食，同时经中心静脉给予全肠外营养，没有腹膜炎的患者应用肝素进行初期的抗凝，这是最佳的治疗方案。
同时到患者的胃肠道症状有所缓解，可以采用腔内联合应用抗凝和肝素治疗，合并或者不合并肠切除，也是一种有效的治疗方法。
不同的腔内技术，包括经皮颈内静脉穿刺、门体分流术，联合机械性抽吸血栓清除术以及导管接触性溶栓术、经皮肝穿刺机械性血栓清除术，也可以采用经皮肝穿刺导管接触性溶栓，都可以很好的溶解血栓。
但是在溶栓过程中要密切注意患者是否有出血征象，在手术和非手术病例中，持续注射普通肝素进行充分抗凝，使每4小时监测的活化部分凝血酶原时间达到50-70秒。