肛周脓肿根据其位置的高低，手术方式也不一样。
以前的肛周脓肿只不过单纯做脓肿切排术，然后等二期形成肛瘘以后再次手术，也就是手术要做2次，而现在有些低位脓肿可以轻易找到内口，然后做一次性的根治。
如果脓肿位置比较高，有可能在术中就需要挂线治疗，因为局部是感染性病灶，术后创面都是开放的。
它的愈合时间不定，大概在4周左右，有可能高位脓肿愈合的时间会更久一点，需要4-6周。如果低位脓肿，愈合时间可能会短，3-4周就会愈合。