三种脑炎的脑脊液鉴别，在临床上最常见的三种脑炎是化脓性脑膜炎、结核性脑膜炎和病毒性脑膜炎。这三种脑炎的鉴别，主要分为压力、蛋白质、葡萄糖和氯化物。在压力和蛋白质方面，这三种脑炎都升高，但是升高的最明显的是化脓性脑膜炎，接着是结核性脑膜炎，然后是病毒性脑膜炎。在葡萄糖和氯化物方面，化脓性脑膜炎和结核性脑膜炎都下降，而病毒性脑膜炎基本上是在正常范围之内。在白细胞计数方面，化脓性脑膜炎显著增高，且多为中性粒细胞，而结核性脑膜炎也是显著升高，但是多为淋巴细胞，病毒性脑炎也是多为淋巴细胞。