心肌炎的确诊依据包括四个方面，具体如下：
第一部分，病史与体征，病史体征包括上呼吸道感染，腹泻等疾病，三周后出现的异常心脏表现，包括重度的乏力、胸闷、头晕等等。
第二部分，感染后三周出现的心脏相关异常，包括心律失常以及心电图改变，如窦性心动过速、房室传导阻滞、窦房阻滞或束支阻滞，甚至还包括ST段改变，个别患者会出现病理性Q波。
第三部分，心肌损伤的相关指标，如肌钙蛋白I、肌钙蛋白T、肌酸激酶以及肌酸激酶同工酶等等。除此之外，还包括超声心动图显示心腔扩大或室壁活动异常。
第四部分，病原学依据，在急性期从心内膜、心肌、心包或心包穿刺液中检测出病毒以及病毒的基因片段，或者病毒抗体阳性。