治疗厌氧菌感染，首选药须看是哪种样的厌氧菌。破伤风梭菌就是厌氧菌，如果确定是这种疾病，就首选破伤风抗毒素或破伤风人免疫球蛋白。破伤风人免疫球蛋白较贵但效果较好，单纯从效果的方面首选破伤风的人免疫球蛋白。抗生素可选择青霉素类或头孢菌素，其他如甲硝唑、大环内酯类和四环素类的也可选择。
肉毒杆菌同样也是厌氧菌，出现感染时首选肉毒杆菌的免疫球蛋白，马血清抗毒素不建议使用。抗生素甚至应该避免使用，因为能够溶解肉毒杆菌，导致毒素活性增加。其他没有芽孢的厌氧菌，大多对甲硝唑、哌拉西林、亚胺培南、克林霉素等都较敏感，可以选择甲硝唑治疗。但考虑如果有其他细菌混合感染，可选择亚胺培南等其他广谱抗生素，革兰阳性厌氧菌可选择万古霉素。