月经干净两天后同房是可以的，如果月经规律，月经干净后两天属于安全期，在这期间同房不会怀孕。月经干净后两天身体抵抗力增强及阴道内没有残留的血迹，这时同房不会引起妇科感染。
如果月经周期短在月经干净后两天就可能是排卵期，同房会有怀孕可能，所以需要根据月经周期计算排卵期。如果是排卵期同房时需要使用避孕套或者口服避孕药避孕以免怀孕，不能在月经期或者月经刚干净一天同房，因为这时身体抵抗力低下且阴道内有血液容易滋生细菌，同房会引起阴道炎，同房时细菌会带入宫腔容易引起宫内感染等。