碘伏和酒精都可以用于伤口的消毒，但因为酒精会刺激皮肤，所以消毒伤口的时候，酒精要避免溅到伤口内，以免损伤皮下组织。碘伏对皮肤软组织及黏膜没有损伤，所以使用碘伏消毒更安全一些。
在临床上，一些严重污染的伤口可以用碘伏冲洗和消毒，再用生理盐水清洗伤口。用碘伏或者是酒精，应该根据具体的临床需要进行选择。创伤之后伤口的恢复期间，碘伏可以用于每次换药消毒，刺激性比较小。
如果切口感染，特别是皮下脂肪有液化的情况，无菌手术切口也可以用碘伏消毒，消毒后可以用医用酒精进行脱碘。