打促排卵针会出现轻微的不舒服，但一般能够忍受，也不会感觉特别的疼痛。
有时患者出现疼痛主要表现在打针针眼部位，因打促排卵的针不是1-2针，而是连续打十几针。所以有些人针眼的地方会有轻微的不舒服，与护士打针的熟练程度有关。一般来说，护士会用很轻微的手法让患者没有不舒服的感觉，就像蚂蚁在身上轻微爬过一样。还有卵泡由于生长会有下腹轻微的坠胀不舒服，但也不会引起疼痛。打促排卵针会引起不止一个卵泡生长，多数会有10个左右，甚至10个以上的卵泡同时生长。所以两侧的卵巢会短时间内长大，对旁边的肠管等组织会有压迫，有轻微的腹胀，但一般不会引起疼痛，女性都是可以耐受。
如少数患有多囊卵巢综合症的患者，在促排卵的过程中常有大量的卵泡生长，同时可能会引起卵巢过度刺激，引起腹胀、卵巢的流转，甚至引起出血。一旦出现突然腹痛或心慌、气喘等不舒服症状，需要及时到医院检查、治疗。