耐药肺结核引起的原因主要是患者自身的身体条件差、营养不良、免疫力弱，也可以见于反复不规范、不合理使用抗结核药物，都会导致耐药肺结核的形成。
有些患者不能忍受药物的副作用而随意停药，形成不规范的抗结核治疗，也会导致耐药肺结核的形成。耐药性肺结核对于身体的危害是很大的，可以导致肺结核的治疗难度加大，导致患者出现临床死亡。
在临床抗结核药物的应用过程中，一定要规范，最好是配合相关的保护肝脏、肾脏，提高免疫力的药物进行综合治疗，在1年以上的时间来进行规范用药，使耐药菌株产生得以避免，使病情好转。